对红外显微镜要注意防尘。红外显微镜不使用时，应罩上防尘罩。红外显微镜样品台下方的聚光器的开口时朝上的，灰尘落在聚光器镜面上会降低据观其的反射率。因此不使用红外显微镜时，应在样品台上放置一张纸，以防止灰尘落在聚光器镜面上。在用显微镜测试样品时，应注意，不要让样品或杂物掉进聚光器镜面上。

如果干涉仪使用的是空气轴承干涉仪，推动空气轴承的气体必须是干燥的、无尘的、无油的。可以使用普氮或专供红外仪器使用的空气压缩机提供的压缩空气。如果由实验室压缩空气系统提供压缩空气，所使用的压缩机必须是无油空压机。压缩空气进入空气轴承之前，必须经过干燥和过滤，否则会沾污空气轴承，使空气轴承不能正常工作。吹扫红外光谱仪用的气体，也应做到干燥、无油和无尘。

远距离搬动红外光谱仪时，应将干涉仪中的动镜固定住，以免搬动时因剧烈震动损坏轴承。

使用水冷却型红外光源时，为了节约水资源，应使用循环冷却水泵供水。循环水泵需用去离子水，并在水中加入防冻剂和去生物剂。应定期检查供水软管和接口，防止水管因长期使用而老化，造成跑水事故。

能斯特灯是红外光谱仪的常用光源，要求性能稳定和噪声低，因此要注意维护。能斯特灯有一定的使用寿命，要控制时间，不要随意开启和关闭，实验结束时要立即关闭。能斯特灯的机械性能差，容易损坏，因此在安装时要小心，不能用力过大，工作时要避免被硬物碰撞。